Cơ cấu lãnh đạo của quân đội dựa trên vai trò lãnh đạo của Tổng tư lệnh. Chức vụ này được Fidel Castro nắm giữ từ những ngày còn trong Quân đội khởi nghĩa cho đến ngày 24 tháng 2 năm 2008. Sau đó, được chuyển giao cho Đại tướng Raúl Castro, sau khi được bổ nhiệm làm Chủ tịch Hội đồng Nhà nước Cuba cùng ngày. Và hiện tại chức vụ do Chủ tịch nước Cộng hòa đương nhiệm, Miguel Diaz-Canel Bermúdez nắm giữ.

Bộ trưởng FAR hiện tại là Thượng tướng Álvaro López Miera, được bổ nhiệm ngày 15 tháng 4 năm 2021 thay thế cho Thượng tướng Leopoldo Cintra Frías. Thứ trưởng thứ nhất là Thượng tướng Joaquín Quintas Solá. Cả hai, đều có danh hiệu Anh hùng Cộng hòa Cuba và là cựu chiến binh trong các cuộc chiến tranh ở Châu Phi.

Cơ cấu hạt nhân của FAR có Bộ Tổng tham mưu, Tổng tham mưu trưởng đứng đầu Bộ Tổng tham mưu, với chức danh thứ trưởng. Tổng tham mưu trưởng hiện tại là Thượng tướng Álvaro López Miera, xạ thủ và cựu binh của Chiến dịch Carlota (cuộc can thiệp của Cuba vào Angola từ năm 1975 đến năm 1991) và Chiến tranh Ethiopia, cũng là Anh hùng của Cộng hòa Cuba.

FAR được tạo thành từ bốn quân chủng:

• Lục quân Cách mạng
• Phòng không - Không quân Cách mạng
• Hải quân Cách mạng
• Thanh niên Lao động quân

Được bổ sung bởi các lực lượng không thường trực:

• Lực lượng dân quân lãnh thổ (MTT). Lực lượng kế tiục Dân quân Cách mạng Quốc gia. Tổ chức thành các Tiểu đoàn, Trung đoàn trên lãnh thổ các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương.
• Lữ đoàn Quốc phòng và Sản xuất (BPD). Nhằm góp phần phát triển bộ máy sản xuất của đất nước trong thời kỳ chiến tranh. Được tổ chức trong các Khu vực phòng thủ (hơn 2,000 trong cả nước) và tại các trung tâm sản xuất hoặc nghiên cứu.

FAR được chia theo cấu trúc, ngoài vũ khí, thành ba quân chủng, lãnh đạo tất cả các đơn vị quân sự trực thuộc đóng trên các lãnh thổ đó. Tương tự như vậy, mỗi tỉnh có một Bộ Tham mưu cấp tỉnh và hợp thành một Quân khu (Región Militar).

• Quân đội miền Tây: Phạm vi phòng thủ từ tỉnh Pinar del Río đến tỉnh Matanzas, bao gồm cả Havana, thủ đô của nước Cộng hòa. Tư lệnh Quân đội miền Tây là Trung tướng Raúl Omar Acosta Gregorich.
• Quân đội miền Trung: Phạm vi phòng thủ các tỉnh Villa Clara, Cienfuegos, Sancti Spíritus và Ciego de Ávila. Tư lệnh Quân đội miền Trung là Trung tướng Andrés Laureano González Brito.
• Quân đội miền Đông: Được gọi là "Quân đội Cao quý", phạm vi phòng thủ từ tỉnh Camagüey đến Guantánamo, bao gồm cả đường biên giới với Căn cứ Hải quân Guantánamo, do Hoa Kỳ chiếm đóng. Tư lệnh Quân đội miền Đông là Trung tướng Agustín Peña Porres.

Nhóm quân thứ tư, Lao động Thanh niên quân (EJT), các đơn vị tân binh được huy động cho các nhiệm vụ sản xuất, thường là nông nghiệp, nhưng là những người đầu tiên được huấn luyện quân sự.

Ngoài ra, FAR chỉ đạo Tổ chức Phòng vệ Dân sự Cuba, một cơ quan phòng chống thiên tai; và Viện Dự trữ Nhà nước Quốc gia (INRE), cơ quan kiểm soát các nguồn dự trữ khẩn cấp và thời chiến trong cả nước.